上海交通大学是中国历史最悠久的高等学府之一，前身是盛宣怀经清廷正式批准于1896年（光绪22年）创立的南洋公学，当时设立了师范院、外院、中院和上院四院。与北洋大学堂同为近代历史上中国人自己最早创办的大学。
1896年，前身南洋公学在上海成立。[1]
1897年3月6日，借上海徐家汇民房一所作校址，“南洋公学”正式开学。
1897年4月，委任何嗣焜为南洋公学总理（即校长）。
1903年，成立中国最早的商务专科班。
1905年划归商部，更名为商部上海高等实业学堂，随后又划归邮传部。[2]
学校工科之始——铁路工程班于1906年秋成立。
1907年10月，学校设立的第一个工程专科，即学制3年的铁路专科正式成立。
1908年夏，增设电机专科，为中国高等学校最早设立之电机系科。
1909年，航海专科成立，且于1911年改为商船学校。
1910年，建立电机实验室；同年秋，定“勤、俭、敬、信”四字为校训。
1911年，成立南洋大学堂。[2]
1912年，成立技击部，成为中国开展武术运动最早的高等学校。
1912年秋，学校归交通部直辖，改校名为“交通部上海工业专门学校”。[3]
1918年3月，学校又增设铁路管理科。[3]
1919年7月，侯绍裘成立南洋义务学校。
1920年12月14日，交通总长叶恭绰以“交通要政极需专材”为由，提交国务会议议决，将北京邮电学校、北京铁路管理学校、唐山工业专门学校及上海工业专门学校合并，改称“交通大学”。[4]
1922年4月8日，叶恭绰校长电示“今日为交通大学成立纪念日，放假一天”。
1922年7月21日，交通大学正式分为两校，改名交通部南洋大学和交通部唐山大学，各设校长。
1928年2月，国民政府任命蔡元培为1927年9月7日改名为“第一交通大学”的校长。
1928年10月，学校移归铁道部管辖，将设在上海、唐山、北平三处的交通大学各学院合并，统称铁道部交通大学。[5]
1937年8月1日，学校划归教育部。八·一三事变爆发后学校迁至上海法租界继续办学。
1943年，教育部令交大接管重庆商船专科学校，建成造船系等专业。
1945年10月，抗战胜利后，重庆交大总校师生分批复员上海。
1946年，沪校与渝校会合，增设电信管理、电信技术两专修科。[6]
1949年5月27日，中国人民解放军解放上海，并于同年6月15日接管交通大学。交通大学部分校友迁至台湾后“复校”，这就是后来位于新竹的“国立交通大学”。[7]
1956年7月1日，上海造船学院在交大现址成立。
1957年6月，国务院、高教部批准交大分设西安、上海两部分。[7]
1959年7月31日，国务院批准交通大学上海部分、西安部分分别独立为两所学校。[8]同年，经国务院批准，交通大学上海部分正式定名为上海交通大学。
1961年2月6日，中央决定上海交大划归国防科委直接领导，同时受教育部及上海市委领导。
1970年2月15日，学校划归第六机械部领导。
1982年9月17日，教育部、中国船舶工业总公司下达通知：国务院已正式批准，将中国船舶工业总公司所属上海交通大学移交给教育部领导，实行教育部与上海市双重领导以教育部领导为主。
1984年，邓小平同志亲切接见了上海交通大学学校领导和师生代表。
1984年6月10日，上海交大列为国务院批准的第一批国家重点发展的高等院校。
1999年9月1日，学校隆重举行庆祝上海农学院并入上海交通大学暨上海交通大学农学院成立大会。[9]
2005年，与上海第二医科大学合并。

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